鹿児島本線と接続。久大本線線内を走る特急列車は鹿児島本線へと直通運転して博多までを結んでいる。

乗換(JR)

九州新幹線（久留米駅）・鹿児島本線（博多－八代）（久留米駅）

1990年訪問時、乗った列車が対向列車待ちのためにしばらく停車。その間に撮影した写真。

小倉から田川・添田を経由して筑紫山地を越えてきた日田彦山線がここで合流。同線の列車は日田まで乗り入れてくる（現在運転休止中）。

乗換(JR)

日田彦山線

1995年に湯布院に温泉旅行に行った時に駅に寄り道。この時は博多から高速バスを利用してここまで来たのだが、由布院駅舎には寄り道して入場券などを買い求めていた。ちなみに当時の町の名前は 由布院町と湯平村が合併して「湯布院町」となっていたが駅名は「由布院」のままで漢字表記が異なっていた。今は由布市湯布院町となり、街の名前にも「由布」が復活している。

日豊本線と接続。熊本より同じく九州山地を越えてきた豊肥本線ともこの駅で接続している。久大本線を走る特急は日豊本線を別府まで乗り入れている。